Źródła Fundacji sięgają wczesnych lat 80-tych XX wieku w Londynie. Fundatorem i założycielem był śp. profesor Andrzej Ciechanowiecki. Jako cel postawił sobie pomaganie Polakom znajdującym się w potrzebie w Polsce i na emigracji oraz wspieranie członków Zakonu Maltańskiego w Polsce. Pierwszym krokiem był zakup oraz prowadzenie Hospicjum dla starszych i samotnych osób w Londynie. W działalność fundacji zaangażowani byli, razem z profesorem Andrzejem Ciechanowieckim, śp. Rafał Smorczewski i Adam Zamoyski, który jeździł do Polski z transportami leków dla szpitali, zakupionych głównie dzięki hojności Fundatora.
Pierwszą większą inicjatywą na terenie Polski było stworzenie razem z oo. Kamilianami domu dla osób chorych na AIDS. W tych czasach wiedza na temat AIDS była bardzo skąpa. Wiele osób bało się kontaktów z chorymi. W końcu lat 80-tych Adam Zamoyski poprowadził pierwszą pielgrzymkę chorych i niepełnosprawnych Polaków z Anglii do Lourdes. Opiekunami byli także Polacy z Anglii i Francji. Pierwsze pielgrzymki odbyły się dzięki wsparciu i pomocy Związku Brytyjskich Kawalerów Maltańskich. Pielgrzymka jest organizowana do dziś przez naszą Fundację. Od roku 1992 w Londynie aktywna grupa dziewięciu osób stale pomagała potrzebującym. Część odwiedzała regularnie osoby chore i stare, żyjące samotnie, a część Polaków znajdujących się w czterech londyńskich więzieniach.
W chwili, kiedy sytuacja na to pozwoliła, zdecydowano się przenieść działalność do Polski, zakładając Fundację Świętego Jana Jerozolimskiego w Warszawie. Kluczowe w Polsce były dwie osoby: Mikołaj Radziwiłł i Anna Branicka-Wolska którzy zajęli się rejestracją nowej Fundacji i szukaniem nieruchomości w Warszawie. Fundacja została zarejestrowana dnia 7 lipca 1990 r., stając się pierwszą organizacją związaną z Zakonem Kawalerów Maltańskich na ziemiach polskich po upadku komunizmu. Jej Fundatorem był Adam Zamoyski. W Radzie nowej Fundacji zasiedli: Andrzej Ciechanowiecki (Prezes), Jan Badeni, Juliusz Ostrowski, Ferdynand Radziwiłł, Rafał Smorczewski, Tadeusz de Virion i Adam Zamoyski. Do Zarządu wybrano: Mikołaja Radziwiłła, Annę Branicką-Wolską, Marcina Libickiego, Stanisława Lubomirskiego, Tadeusza de Virion, Stanislawa Cieńskiego, Józefa Lubowieckiego i Aleksandra Taczanowskiego. W 1997 roku została nabyta nieruchomość przy ul. Królowej Aldony 13 w Warszawie. W pierwszych latach działalności nasza Fundacja zajmowała się głównie pomocą rodzinom wielodzietnym, rozdzielaniem darów zagranicznych (zwłaszcza leków, sprzętu rehabilitacyjnego, sprzętu szpitalnego).
Od 1999 roku z inicjatywy Joanny Radziwiłłowej rozpoczęto działania pomocowe dla dzieci (Dom Św. Mikołaja). Joanna Radziwiłłowa z zaangażowaniem i oddaniem prowadziła tą działalność do 2016 r., kiedy to odeszła z Fundacji, aby stworzyć Fundację Joanny Radziwiłł – Opiekuńcze Skrzydła.
W 2017 r. Fundacja Świętego Jana Jerozolimskiego zmieniła swój obszar aktywności. Od tego momentu działała głównie na rzecz osób starszych, najuboższych i niepełnosprawnych. Fundacja otworzyła Klub Seniora. Prowadzi też „Kuchnię Świętego Jana” dla osób ubogich i w kryzysie bezdomności. Prowadzimy także Maltański Ośrodek Pomocy Psychologicznej. Co roku organizujemy pielgrzymkę dla osób niepełnosprawnych do Lourdes. Od momentu wybuchu pełnoskalowej wojny na Ukrainie angażujemy się w pomoc uchodźcom. Jesteśmy centum wolontariatu maltańskiego na Mazowszu i niesiemy pomoc potrzbującym dostosowaną do bieżących potrzeb.